企業(yè)選擇申報的技術(shù)領(lǐng)域與企業(yè)主營業(yè)務不對應。在選擇技術(shù)領(lǐng)域時企業(yè)的主營業(yè)務（產(chǎn)品）不屬于《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

國家重點支持的八大高新技術(shù)領(lǐng)域：電子信息、生物與新醫(yī)藥、航空航天、新材料、高技術(shù)服務、新能源與節(jié)能、資源與環(huán)境、先進制造與自動化。

(2) 知識產(chǎn)權(quán)經(jīng)過授權(quán)之后，缺乏研發(fā)過程，直接應用生產(chǎn)，技術(shù)的先進程度會被質(zhì)疑。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

高新技術(shù)企業(yè)認定中，對企業(yè)知識產(chǎn)權(quán)情況采用分類評價方式，其中：發(fā)明專利（含國防專利）、植物新品種、國家級農(nóng)作物品 、國家新藥、國家一級中藥保護品種、集成電路布圖設(shè)計專有權(quán)等按Ⅰ類評價；實用新型專利、外觀設(shè)計專利、軟件著作權(quán)等（不含商標）按Ⅱ類別評價。

（1）科技人員工作時間難確定，繳納社保人員≤5人；

（2）企業(yè)中有兼職和臨聘科技人員，難判斷人員能否符合工作183天的時間要求。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

科技人員是指企業(yè)科技人員是指直接從事研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動，以及專門從事上述活動的管理和提供直接技術(shù)服務的，累計實際工作時間在183天以上的人員，包括在職、兼職和臨時聘用人員。

企業(yè)職工總數(shù)包括企業(yè)在職、兼職和臨時聘用人員。在職人員可以通過企業(yè)是否簽訂了勞動合同或繳納社會保險費來鑒別；兼職、臨時聘用人員全年須在企業(yè)累計工作183天以上。

（1）有收入明顯為貿(mào)易的會被剔除，剔除后導致高新收入占比不夠；

（2）有簡單的加工組裝產(chǎn)品，技術(shù)含量低，不符合重點支持領(lǐng)域，剔除后導致高新收入占比不夠；

（3）產(chǎn)品歸集收入范圍大，高新收入應該是發(fā)票的一部分，企業(yè)在歸集后將全部金額計入，剔除后導致高新收入占比不夠；

（4）產(chǎn)品的證明材料不足，檢測報告不能支撐產(chǎn)品的技術(shù)性、創(chuàng)新性，不能被專家認可，剔除后導致高新收入占比不夠。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

技術(shù)性收入包括:技術(shù)轉(zhuǎn)讓收入、技術(shù)服務收入、接受委托研究開發(fā)收入。企業(yè)應正確計算高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入，由具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)進行專項審計或鑒證。

高新技術(shù)產(chǎn)品收入是指企業(yè)通過研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動，取得的產(chǎn)品收入與技術(shù)性收入的總和。

在高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)中，有產(chǎn)品沒有對應的知識產(chǎn)權(quán)，或者對應的關(guān)聯(lián)性不大，專家不認可后剔除，導致占比不滿50%，不符合申報條件。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

主要產(chǎn)品(服務)是指高新技術(shù)產(chǎn)品（服務） 中，擁有在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權(quán)的所有權(quán)，且收入之和在企業(yè)同時期高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入中超過50%的產(chǎn)品（服務）。

組織管理制度沒有根據(jù)企業(yè)的實際情況去制定文件，直接套模板，會被認為這部分材料不真實，從而評分偏低，大大拉低總分。未提供相關(guān)制度執(zhí)行的佐證材料，比如研發(fā)人員績效獎金發(fā)放銀行流水/記賬證明、科技成果轉(zhuǎn)化獎勵發(fā)放證明等。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

(1) 制定了企業(yè)研究開發(fā)的組織管理制度，建立了研發(fā)投入核算體系，編制了研發(fā)費用輔助賬；

(2) 設(shè)立了內(nèi)部科學技術(shù)研究開發(fā)機構(gòu)并具備相應的科研條件，與國內(nèi)外研究開發(fā)機構(gòu)開展多種形式產(chǎn)學研合作；

(3) 建立了科技成果轉(zhuǎn)化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)平臺；

(4) 建立了科技人員的培養(yǎng)進修、職工技能培訓、優(yōu)秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度。

(1) 上傳材料有遺漏、錯亂，比如年審或者所得稅納稅申報表出現(xiàn)錯誤，各個模塊上傳錯位等；

(1) 審計報告中有保留意見；

(2) 所得稅納稅申報表自行修改，有作假行為；

(3) 財務資料相關(guān)數(shù)據(jù)差異性過大，且未做解釋說明。

科技成果與轉(zhuǎn)化的產(chǎn)品不貼合，或者轉(zhuǎn)化的證明材料邏輯出現(xiàn)問題，導致專家不認可，有效轉(zhuǎn)化數(shù)低于預期。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

科技成果轉(zhuǎn)化形式包括：自行投資實施轉(zhuǎn)化；向他人轉(zhuǎn)讓該技術(shù)成果；許可他人使用該科技成果；以該科技成果作為合作條件，與他人共同實施轉(zhuǎn)化；以該科技成果作價投資、折算股份或者出資比例；以及其他協(xié)商確定的方式。

產(chǎn)學研框架協(xié)議過于簡單，或產(chǎn)學研沒有提供具體的項目開發(fā)合同、發(fā)票、進展、成果材料。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》:

科技成果轉(zhuǎn)化形式包括：自行投資實施轉(zhuǎn)化；向他人轉(zhuǎn)讓該技術(shù)成果；許可他人使用該科技成果；以該科技成果作為合作條件，與他人共同實施轉(zhuǎn)化；以該科技成果作價投資、折算股份或者出資比例；以及其他協(xié)商確定的方式。